El puerto fue construido con una posición de atraque para cruceros y una terminal para transbordadores, para 1987 se dejó de prestar este servicio; en 1966 se construyó el Muelle 2 para cruceros de 250m de eslora y el 2007 se terminó la construcción de dos nuevos muelles y la demolición del antiguo Muelle 2.

Con lo que, hoy día, Puerto Vallarta cuenta con tres posiciones de atraque para atender en forma simultánea 3 cruceros de las más altas especificaciones.