La Ley de Puertos y su Reglamento establecen los fundamentos de la organización institucional, la planificación y la operación de los puertos de México. Entre las disposiciones que dicha Ley establece se encuentran las relativas a:

• La facultad que guarda el Estado para formular y conducir políticas y programas para el desarrollo del sistema portuario nacional;
• Las bases para la creación de las Administraciones Portuarias Integrales (API) y los elementos para la mejor organización de la actividad y la eficiente prestación de los servicios;
• La obligación por parte de las API de realizar programas maestros de desarrollo portuario que permitan orientar la operación del puerto de forma precisa y consensuada con los diversos actores de la actividad portuaria, con objeto de ordenar y maximizar el aprovechamiento de los limitados espacios portuarios y la aplicación de recursos; y,
• La conformación de los programas operativos anuales, que fungen como un instrumento para cumplir con los objetivos, metas y estrategias establecidas anteriormente en los programas maestros de desarrollo portuario. La Ley de Puertos establece que la autoridad portuaria se ejerce por conducto de la Secretaría de Comunicaciones y Transportes (SCT) y que a su vez ésta, formula y conduce las políticas y programas para el desarrollo portuario nacional (Art. 16). Señala que la Secretaría otorgará concesiones para la explotación, uso y aprovechamiento de los bienes de dominio público en los puertos, terminales y marinas, así como para la construcción de obras en los mismos y para la prestación de servicios portuarios a las API (Art. 20).

La Ley dispone que una API podrá existir cuando la planeación, programación, desarrollo y demás actos relativos a los bienes y servicios de un puerto se encomiendan en su totalidad a una sociedad mercantil, mediante la concesión para el uso, aprovechamiento y explotación de los bienes y prestación de los servicios respectivos (Art. 38).
El administrador portuario responde ante la Secretaría por las obligaciones establecidas en el título de concesión otorgado, independientemente de los contratos de cesión parcial de derechos y de prestación de servicios que celebre. Además, los operadores de terminales, marinas e instalaciones y prestadores de servicios portuarios, por el hecho de firmar un contrato con el administrador portuario, son responsables solidarios con éste y ante el Gobierno Federal, del cumplimiento de las obligaciones derivadas del mismo y de las consignadas en el título de concesión que se relacionen con aquellas (Art. 55 y 56). Además de los derechos y obligaciones que la Ley establece para los concesionarios, corresponde a los administradores portuarios:

• Planear, programar y ejecutar las acciones necesarias para la promoción y desarrollo del puerto o grupo de ellos y terminales, a fin de lograr la mayor eficiencia y competitividad;
• Usar, aprovechar y explotar los bienes de dominio público en los puertos o grupo de ellos y terminales y administrar la zona de desarrollo portuario;
• Opinar sobre la delimitación de las zonas y áreas del puerto.

Asimismo, conforme a la Ley de Puertos, el administrador portuario se sujetará a un programa maestro de desarrollo portuario, el cual será parte integrante del título de concesión y contendrá los usos, destinos y modos de operación previstos para las diferentes zonas del puerto, así como la justificación de los mismos, y las medidas y previsiones necesarias para garantizar una eficiente explotación de los espacios portuarios, su desarrollo futuro y su conexión con los sistemas generales de transporte (Art. 41).