La ciudad y puerto están comunicados básicamente por 2 carreteras; las principales son Puerto Vallarta Compostela con 132 kilómetros, a partir de este punto, a Tepic y Guadalajara; a estas ciudades se tiene una distancia de 38 kilómetros y 237 kilómetros, respectivamente. La otra carretera, hacia el Sur, comunica con Manzanillo en una distancia de 270 kilómetros. El principal medio de transporte utilizado por los visitantes para arribar a Puerto Vallarta es, para el turismo nacional, el autobús con 78%, seguido del automóvil con 15%. Para el turismo extranjero, el avión representa el más importante medio de transporte, con una participación de 85% del total, seguido por los yates o cruceros con 9%.

En el año 2004, arribaron a Puerto Vallarta por avión 2´236,083 pasajeros, de los cuales 47% lo hizo al través de vuelos internacionales, 28% por vuelos charter y 23% en vuelos nacionales. En cuanto al número de vuelos, en ese mismo año, se realizaron 24,530, predominando los vuelos nacionales con 41%, seguido de los vuelos internacionales con 40% y los charter con 18%.

Por otra parte, los medios de conexión que ofrece el puerto a los turistas que hacen uso de sus instalaciones, se refieren básicamente a la prestación de servicios turísticos, tales como: tour operadores que ofrecen recorridos en autobuses a los principales puntos de atracción de la ciudad; sitio de taxis autorizado; y, renta de autos.